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Atualmente sediado na Capitania do Porto de Faro desde 1962, foi organizado a partir do acervo do suprimido Museu Industrial Marítimo, ligado à extinta Escola Industrial Pedro Nunes. Criado por despacho de 4 de Janeiro de 1889, a sua coleção formou-se a partir de objetos e modelos mandados construir a título particular pelo oficial da Armada, António Artur Baldaque da Silva. Posteriormente, por proposta do Inspector Fonseca Benevides, essa coleção foi adquirida pelo Governo, tendo a mesma aumentado gradualmente nos anos seguintes. Destaca-se o precioso contributo do então comandante Ramalho Ortigão, no acautelamento, reorganização e instalação do Museu no edifício actual, proporcionando assim à cidade de Faro uma importante obra sob o ponto de vista científico e histórico. Passando por vários locais, pensando-se inclusive em transferi-lo para o Museu de Marinha em Lisboa no ano de 1929, o Museu Marítimo exibe presentemente uma coleção etnográfica sobre a atividade marítima e a pesca algarvia. Possui 3 salas distintas – Baldaque da Silva, Lyster Franco, Manuel Bívar – onde se encontram expostos navios de pesca e outras embarcações, aparelhos e utensílios de pesca, instrumentos, aparelhos e material de bordo, entre outros. Integra também uma biblioteca com bibliografia em variadas áreas científicas.